马来西亚亚太科技大学一年学费是由课程和专业决定的，以硕士专业为例，人工智能硕士学位、网络安全硕士学位RM 38,500（USD 9,630）；数据科学与商业分析硕士学位RM 42,400（USD 10,600）；工程学哲学硕士学位、管理学哲学硕士学位、电脑学哲学硕士学位RM 27,800（USD 6,950）；其它硕士学位课程RM 36,800（USD 9,200）。
